Lettonias vēsture ir daļa no Latvijas vēstures. Jau 1870.gadā Tērbatā Kronvaldu Atis ar saviem domu biedriem, latviešu studentiem, nodibināja Tērbatas latviešu studentu rakstniecības vakarus, kuru iekšējā kārtība tika organizēta pēc korporācijas parauga. 1881.gada 3.decembrī tika pieņemts nosaukums “Fraternitas Lettonica”, kas jau 1882.gada 20.februāri tika pārsaukta par “Lettonia”.

1918.gada 3.decembra vakarā ar vilcienu Rīgā iebrauca Lettonias grupa, lai sevi nodotu Latvijas pagaidu valdības rīcībā, tādejādi apliecinot savu Tēvu zemes mīlestību atbrīvošanas cīņās.

Okupācijas laikā korporācija tika slēgta, tās inventārs izvazāts un vairākumam lettoņu tika piemērotas dažādas represijas. Daudzi paspēja emigrēt, bet daļa nonāca cietumos vai Gulāga nometnēs. Pēc Otrā Pasaules kara lettoņi ārzemēs sāka apzināt visu atrašanās vietas. Šis ir skumjākais laiks korporācijas vēsturē, jo ārējie apstākļi bija ļoti nelabvēlīgi. Vēlme turēties kopā tomēr bija stiprāka par robežām un radās vairāki centri amerikāņu un angļu zonās.

Pirms kara Latvijā bija apmērām 550 lettoņu. Pēc kara vairāk kā puse bija emigrējusi un palikušos bija skāris karš un okupācija. Bet 1989.gada 18.maijā tika pieņemti atjaunotās Lettonias statūti un 4.jūlijā LU rektors J. Zaķis atļāva atjaunot Lettonias darbību. Pirmie pēcokupācijas zēni tika uzņemti 1989.gada II semestrī. Ārzemēs dzīvojošie lettoņi turpina atbalstīt korporācijas darbību šeit.